Seit der Gründung des Ethnologischen Seminars im Jahre 1963 konzentriert sich die Forschung auf spezifische Kernthemen. Historisch bedingt beinhalten diese die systematische Auseinandersetzung mit der materiellen Kultur nicht-europäischer Gesellschaften, häufig in Zusammenarbeit mit dem Museum der Kulturen, Basel.
In jüngerer Zeit konzentriert sich die ethnographische Forschung am Ethnologischen Seminar auf zeitgenössische gesellschaftliche Wandlungsprozesse auf der Welt, sowie die theoretische und methodologische Transformation der Sozialanthropologie selber. Die Forschungsprojekte sind überwiegend interdisziplinär ausgerichtet und werden in enger Zusammenarbeit mit Forschungseinrichtungen im Norden und Süden durchgeführt. Die zentralen Forschungsgebiete sind:

  • Visual Culture (ästhetische Praxis und Medialität in einem gesellschaftswissenschaftlichem Kontext, vor allem in städtischen Räume.)
  • Political Anthropology (vor allem in Anbetracht von Praktiken und Strukturen von Staat und Staatlichkeit.)
  • Medical Anthropology

Jedes dieser Forschungsgebiete ist in einer Forschungsgruppe unter Professor Till Förster (Political Anthropology und Visual Culture) und Professorin Brigit Obrist (Medical Anthropology) organisiert, in welcher aktuelle Themen und laufende Forschungsprojekte von Graduierenden kritisch diskutiert und kontextualisiert werden.
Der regionale Forschungsschwerpunkt liegt auf Ozeanien (hauptsächlich Melanesien und Neuguinea) und Afrika (Subsahara-Afrika). Momentan laufen  insbesondere in West-, Ost- und im südlichen Afrika verschiedene Forschungsprojekte sowohl praktischer als auch theoretischer Natur.
Ausserdem verfolgen die Mitarbeitenden des Ethnologischen Seminars ihre eigenen Forschungsinteressen, welche oft auf Interdisziplinarität beruhen.